Associate Professor

  • Associate Professor

    Ikuko Koyama-Honda

    Profile

    博士（理学）

    1997年　東北大学理学部生物学科卒業

    1999年　東京大学大学院総合文化研究科　修士課程修了

    2002年　名古屋大学大学院理学研究科　博士課程満期退学

    2002年　ERATO/SORST　楠見膜組織能プロジェクト研究員（名古屋大）

    2005年　ICORP 膜機構プロジェクト研究員（京都大）

    2010年　日本学術振興会RPD特別研究員（東京医歯大）

    2012年　東京大学医学部MD研究者育成プログラム室　助教

    2018年　東京大学大学院医学系研究科　特任講師

       ERATO 水島細胞内分解ダイナミクスプロジェクト　総括補佐・グループリーダー 

    2022年　東京大学大学院医学系研究科　准教授

    オートファゴソームについての残された謎を解きたいと思っています。

    Original Papers

    Quantitative 3D correlative light and electron microscopy of organelle association during autophagy Satoru Takahashi, Chieko Saito, Ikuko Koyama-Honda*, Noboru Mizushima* (*co-corresponding authors) Cell Structure and Function 47: 89–99 (2022) 紹介ページ
    Organelle degradation in the lens by PLAAT phospholipases. Morishita H, Eguchi T, Tsukamoto S, Sakamaki Y, Takahashi S, Saito C, Koyama-Honda I, Mizushima N. Nature. 592(7855):634-638. 2021. 紹介ページ
    Wetting regulates autophagy of phase-separated compartments and the cytosol. Agudo-Canalejo J, Schultz SW, Chino H, Migliano SM, Saito C, Koyama-Honda I, Stenmark H, Brech A, May AI, Mizushima N, Knorr RL. Nature. 591(7848):142-146. 紹介ページ
    High-speed single-molecule imaging reveals signal transduction by induced transbilayer raft phases. Koyama-Honda I, Fujiwara TK, Kasai RS, Suzuki KGN, Kajikawa E, Tsuboi H, Tsunoyama TA, Kusumi A. J Cell Biol. 219(12):e202006125. 2020
    Modeling Membrane Morphological Change during Autophagosome Formation. Sakai Y, Koyama-Honda I, Tachikawa M, Knorr L. R, Mizushima N. iScience 23, 9, 101466, 2020. 紹介ページ
    Development of a Series of Practical Fluorescent Chemical Tools To Measure pH Values in Living Samples. Takahashi S, Kagami Y, Hanaoka K, Terai T, Komatsu T, Ueno T, Uchiyama M, Koyama-Honda I, Mizushima N, Taguchi T, Arai H, Nagano T, Urano Y. J Am Chem Soc. 9;140(18):5925-5933 2018.
    Differential requirement for ATG2A domains for localization to autophagic membranes and lipid droplets. Tamura N, Nishimura T, Sakamaki Y, Koyama-Honda I, Yamamoto H, Mizushima N. FEBS Lett. 591(23):3819-3830 2017. 紹介ページ
    The ATG conjugation systems are important for degradation of the inner autophagosomal membrane. Kotaro Tsuboyama*, Ikuko Koyama-Honda* (equal contribution), Yuriko Sakamaki, Masato Koike, Hideaki Morishita, and Noboru Mizushima. Science, 2016 25 Nov. 紹介ページ
    Ultrastructural analysis of autophagosome organization using mammalian autophagy-deficient cells. Kishi-Itakura C, Koyama-Honda I, Itakura E, Mizushima N. J Cell Sci. 2014 Jul 22. pii: jcs.156034. [Epub ahead of print] 紹介ページ
    Temporal analysis of recruitment of mammalian ATG proteins to the autophagosome formation site. Koyama-Honda I, Itakura E, Fujiwara TK, Mizushima N. Autophagy 2013 Jul 10;9(10). [Epub ahead of print] 紹介ページ
    Structures containing Atg9A and the ULK1 complex independently target depolarized mitochondria at initial stages of Parkin-mediated mitophagy. Itakura E, Kishi-Itakura C, Koyama-Honda I, Mizushima N. J Cell Sci. 125(6):1488-99(2012) 紹介ページ
    Full characterization of GPCR monomer-dimer dynamic equilibrium by single molecule imaging. Kasai RS, Suzuki KG, Prossnitz ER, Koyama-Honda I, Nakada C, Fujiwara TK, Kusumi A. J Cell Biol. 192(3):463-80 (2011)
    Fluorescence imaging for monitoring the colocalization of two single molecules in living cells. Koyama-Honda I, Ritchie K, Fujiwara T, Iino R, Murakoshi H, Kasai RS, Kusumi A. Biophys J. 88(3):2126-36 (2005)
    Single molecule imaging of GFP in living cells: E-cadherin forms oligomers on the free cell surface. Iino R, Koyama I, and Kusumi A. Biophys J. 80:2667-2677 (2001)

    Review Papers

    Transient visit of STX17 (syntaxin 17) to autophagosomes Ikuko Koyama-Honda, Noboru Mizushima Autophagy. 18(6):1213-1215. 2022.
    Should I bend or should I grow: the mechanisms of droplet-mediated autophagosome formation. Schultz SW, Agudo-Canalejo J, Chino H, Migliano SM, Saito C, Koyama-Honda I, Stenmark H, Brech A, Mizushima N, Knorr RL, May AI. Autophagy. 17(4):1046-1048. 2021.
    境祐二、小山-本田郁子 「オートファゴソーム形成の物理モデル」 医学のあゆみ 272(9), 758 - 762, 2020
    小山-本田郁子「哺乳類細胞におけるオートファジー分子機構」 BIO Clinica「オートファジーと疾患」 (2018) 北隆館
    ATG conjugation-dependent degradation of the inner autophagosomal membrane is a key step for autophagosome maturation. Koyama-Honda I, Tsuboyama K, Mizushima N. Autophagy 2017 Jul 3;13(7):1252-1253.
    小山-本田郁子, 水島昇「哺乳類細胞におけるオートファゴソーム成熟の分子機構」 オートファジー　分子メカニズムの理解から病態の解明まで　第5章　(2017) 南山堂
    小山-本田郁子, 坪山幸太郎，水島昇「ATG結合系はオートファゴソーム内膜の分解に 重要である」 実験医学 35(4) 586-588 (2017) 羊土社
    小山-本田郁子, 水島昇「オートファジーを蛍光で観る」 週刊医学の歩み　「生命現象を観る」第262巻5号（2017）医歯薬出版
    本田郁子 「蛍光顕微鏡を用いたオートファジー解析」 Dojin Bioscience 04オートファジー　水島昇、吉森保　編　化学同人　15章 201-9（2012）
    Hierarchical organization of the plasma membrane: investigations by single-molecule tracking vs. fluorescence correlation spectroscopy. Kusumi A, Shirai YM, Koyama-Honda I, Suzuki KG, Fujiwara TK. FEBS Lett. 584(9):1814-23 (2010)
    小山-本田郁子 「1分子追跡による2分子共局在検出」 非侵襲・可視化技術ハンドブック－ナノ・バイオ・医療から情報システムまで　第8章 第3節 798-804 NTS (2007)
    小山-本田郁子、楠見明弘　 「1分子追跡によって細胞のナノシステムを解く」 光学　35 巻 76-82 (2006)
    Molecular dynamics and interactions for creation of stimulation-induced stabilized rafts from small unstable steady-state rafts. Kusumi A, Koyama-Honda I, Suzuki K. Traffic. 5(4):213-30 (2004)
    小山郁子 「２色蛍光同時１分子観察像の重ね合せ方法と，細胞膜の表裏カップリング」　 バイオイメージングでここまで理解る　楠見明弘、小林剛、吉村昭彦、徳永万喜洋　編集 実験医学別刷 20(5) 54-60羊土社 (2003)
    小山郁子、楠見明弘　 「蛍光顕微鏡によるタンパク質の細胞内局在と動態の観察」　 ポストシークエンスタンパク質科学実験法　第III巻　大島泰郎、鈴木紘一、藤井義明、村松喬　編　東京化学同人 24-38 (2002)
    飯野亮太､小山郁子　 「GFP融合タンパク質1分子の生細胞中での可視化解析」　 細胞工学 20 691-696 (2001) 羊土社
    東京大学大学院医学系研究科・医学部男女共同参画委員会　エッセイ
    実験医学2018年５月号　Opinion研究の現場から

    Awards

    Excellent Poster Awards, EMBO Workshop Membrane shaping and remodeling by proteins　(2019)
    東京大学医学部 平成28年度Best Teacher’s Award (2017)

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