Associate Professor

Ikuko Koyama-Honda

Profile

博士（理学）

1997年　東北大学理学部生物学科卒業

1999年　東京大学大学院総合文化研究科　修士課程修了

2002年　名古屋大学大学院理学研究科　博士課程満期退学

2002年　ERATO/SORST　楠見膜組織能プロジェクト研究員（名古屋大）

2005年　ICORP 膜機構プロジェクト研究員（京都大）

2010年　日本学術振興会RPD特別研究員（東京医歯大）

2012年　東京大学医学部MD研究者育成プログラム室　助教

2018年　東京大学大学院医学系研究科　特任講師 ERATO 水島細胞内分解ダイナミクスプロジェクト　総括補佐・グループリーダー

2022年　東京大学大学院医学系研究科　准教授

オートファゴソームについての残された謎を解きたいと思っています。

Original Papers

ATG gene duplication in vertebrates: evolutionary divergence and its functional implications. Zhang S, Koyama-Honda I, Hiratsuka D, Mizushima N. Autophagy. 2026 Jan 24:1-18.

The lysosomal membrane protein LAMP2B mediates microlipophagy to target obesity-related disorders. Sakai R, Aizawa S, Lee-Okada HC, Hase K, Fujita H, Kikuchi H, Inoue YU, Inoue T, Kabuta C, Yokomizo T, Hashimoto T, Wada K, Mano T, Koyama-Honda I, Kabuta T. Cell Rep. 44(6):115829, 2025.

Optogenetic tools for inducing organelle membrane rupture. Nagashima Y, Eguchi T, Koyama-Honda I, Mizushima N. J Biol Chem. 301(4):108421, 2025. 紹介ページ

A sustained calcium response mediated by IP3 receptor anchoring to the desmosome is essential for apoptotic cell elimination. Cho Y, Koyama-Honda I, Tanimura A, Matsuzawa K, Ikenouchi J. Curr Biol. 34(20):4835-4844.e4, 2024.

Organelle landscape analysis using a multiparametric particle-based method. Kurikawa Y, Koyama-Honda I, Tamura N, Koike S, Mizushima N. PLoS Biol.17;22(9):e3002777, 2024. 紹介ページ

Syntaxin 17 recruitment to mature autophagosomes is temporally regulated by PI4P accumulation. Shinoda S, Sakai Y, Matsui T, Uematsu M, Koyama-Honda I, Sakamaki JI, Yamamoto H, Mizushima N. Elife. 12:RP92189, 2024. 紹介ページ

Experimental determination and mathematical modeling of standard shapes of forming autophagosomes. Sakai Y, Takahashi S, Koyama-Honda I, Saito C, Mizushima N. Nat Commun. 15(1):91, 2024. 紹介ページ

Phosphorylation of Rab29 at Ser185 regulates its localization and role in the lysosomal stress response in concert with LRRK2. Komori T, Kuwahara T, Fujimoto T, Sakurai M, Koyama-Honda I, Fukuda M, Iwatsubo T. J Cell Sci. 136(14):jcs261003. 2023.

Quantitative 3D correlative light and electron microscopy of organelle association during autophagy Satoru Takahashi, Chieko Saito, Ikuko Koyama-Honda*, Noboru Mizushima* (*co-corresponding authors) Cell Structure and Function 47: 89–99, 2022. 紹介ページ

Organelle degradation in the lens by PLAAT phospholipases. Morishita H, Eguchi T, Tsukamoto S, Sakamaki Y, Takahashi S, Saito C, Koyama-Honda I, Mizushima N. Nature. 592(7855):634-638, 2021. 紹介ページ

Wetting regulates autophagy of phase-separated compartments and the cytosol. Agudo-Canalejo J, Schultz SW, Chino H, Migliano SM, Saito C, Koyama-Honda I, Stenmark H, Brech A, May AI, Mizushima N, Knorr RL. Nature. 591(7848):142-146, 2021 紹介ページ

High-speed single-molecule imaging reveals signal transduction by induced transbilayer raft phases. Koyama-Honda I, Fujiwara TK, Kasai RS, Suzuki KGN, Kajikawa E, Tsuboi H, Tsunoyama TA, Kusumi A. J Cell Biol. 219(12):e202006125, 2020

Modeling Membrane Morphological Change during Autophagosome Formation. Sakai Y, Koyama-Honda I, Tachikawa M, Knorr L. R, Mizushima N. iScience 23, 9, 101466, 2020. 紹介ページ

Development of a Series of Practical Fluorescent Chemical Tools To Measure pH Values in Living Samples. Takahashi S, Kagami Y, Hanaoka K, Terai T, Komatsu T, Ueno T, Uchiyama M, Koyama-Honda I, Mizushima N, Taguchi T, Arai H, Nagano T, Urano Y. J Am Chem Soc. 9;140(18):5925-5933, 2018.

Differential requirement for ATG2A domains for localization to autophagic membranes and lipid droplets. Tamura N, Nishimura T, Sakamaki Y, Koyama-Honda I, Yamamoto H, Mizushima N. FEBS Lett. 591(23):3819-3830, 2017. 紹介ページ

The ATG conjugation systems are important for degradation of the inner autophagosomal membrane. Kotaro Tsuboyama*, Ikuko Koyama-Honda* (equal contribution), Yuriko Sakamaki, Masato Koike, Hideaki Morishita, and Noboru Mizushima. Science, 2016 25 Nov. 紹介ページ

Ultrastructural analysis of autophagosome organization using mammalian autophagy-deficient cells. Kishi-Itakura C, Koyama-Honda I, Itakura E, Mizushima N. J Cell Sci. 2014 Jul 22. pii: jcs.156034. [Epub ahead of print] 紹介ページ

Temporal analysis of recruitment of mammalian ATG proteins to the autophagosome formation site. Koyama-Honda I, Itakura E, Fujiwara TK, Mizushima N. Autophagy 2013 Jul 10;9(10). [Epub ahead of print] 紹介ページ

Structures containing Atg9A and the ULK1 complex independently target depolarized mitochondria at initial stages of Parkin-mediated mitophagy. Itakura E, Kishi-Itakura C, Koyama-Honda I, Mizushima N. J Cell Sci. 125(6):1488-99(2012) 紹介ページ

Full characterization of GPCR monomer-dimer dynamic equilibrium by single molecule imaging. Kasai RS, Suzuki KG, Prossnitz ER, Koyama-Honda I, Nakada C, Fujiwara TK, Kusumi A. J Cell Biol. 192(3):463-80 (2011)

Fluorescence imaging for monitoring the colocalization of two single molecules in living cells. Koyama-Honda I, Ritchie K, Fujiwara T, Iino R, Murakoshi H, Kasai RS, Kusumi A. Biophys J. 88(3):2126-36 (2005)

Single molecule imaging of GFP in living cells: E-cadherin forms oligomers on the free cell surface. Iino R, Koyama I, and Kusumi A. Biophys J. 80:2667-2677 (2001)

Review Papers

小山-本田郁子「最新版 THE CELL を母国語で読む」会報「細胞生物」val. 36

栗川義峻, 小山-本田郁子, 水島昇　「オルガネラランドスケープ解析によるオルガネラ集団の可視化」細胞 57(8) 569-571 (2025) 北隆館

小山-本田郁子, 栗川義峻, 水島昇クローズアップ実験法(series382) オルガネラ集団を俯瞰する「オルガネラランドスケープ解析法」実験医学 43(9) 1427-1433 (2025) 羊土社

小山-本田郁子, 高橋　暁　「膜を象る　―三次元光－電子相関顕微鏡法によるオートファゴソームの形態解析」医学のあゆみ「特集生体膜研究の基礎と応用」第287巻11号（2023）医歯薬出版

Transient visit of STX17 (syntaxin 17) to autophagosomes Ikuko Koyama-Honda, Noboru Mizushima Autophagy. 18(6):1213-1215. 2022. 紹介ページ

Should I bend or should I grow: the mechanisms of droplet-mediated autophagosome formation. Schultz SW, Agudo-Canalejo J, Chino H, Migliano SM, Saito C, Koyama-Honda I, Stenmark H, Brech A, Mizushima N, Knorr RL, May AI. Autophagy. 17(4):1046-1048. 2021.

境祐二, 小山-本田郁子　「オートファゴソーム形成の物理モデル」医学のあゆみ「オートファジー - 分子機構・生物学的意義・疾患との関わり」第272巻 9号 (2020) 医歯薬出版

小山-本田郁子「哺乳類細胞におけるオートファジー分子機構」 BIO Clinica「オートファジーと疾患」 (2018) 北隆館

ATG conjugation-dependent degradation of the inner autophagosomal membrane is a key step for autophagosome maturation. Koyama-Honda I, Tsuboyama K, Mizushima N. Autophagy 2017 Jul 3;13(7):1252-1253.

小山-本田郁子, 水島昇　「哺乳類細胞におけるオートファゴソーム成熟の分子機構」オートファジー　分子メカニズムの理解から病態の解明まで　第5章　(2017) 南山堂

小山-本田郁子, 坪山幸太郎, 水島昇　「ATG結合系はオートファゴソーム内膜の分解に重要である」実験医学 35(4) 586-588 (2017) 羊土社

小山-本田郁子, 水島昇　「オートファジーを蛍光で観る」医学の歩み　「生命現象を観る」第262巻5号（2017）医歯薬出版

本田郁子　「蛍光顕微鏡を用いたオートファジー解析」 Dojin Bioscience 04オートファジー　水島昇、吉森保　編　化学同人　15章 201-9（2012）

Hierarchical organization of the plasma membrane: investigations by single-molecule tracking vs. fluorescence correlation spectroscopy. Kusumi A, Shirai YM, Koyama-Honda I, Suzuki KG, Fujiwara TK. FEBS Lett. 584(9):1814-23 (2010)

小山-本田郁子　「1分子追跡による2分子共局在検出」非侵襲・可視化技術ハンドブック－ナノ・バイオ・医療から情報システムまで　第8章第3節 798-804 NTS (2007)

小山-本田郁子, 楠見明弘　「1分子追跡によって細胞のナノシステムを解く」光学　35 巻 76-82 (2006)

Molecular dynamics and interactions for creation of stimulation-induced stabilized rafts from small unstable steady-state rafts. Kusumi A, Koyama-Honda I, Suzuki K. Traffic. 5(4):213-30 (2004)

小山郁子　「２色蛍光同時１分子観察像の重ね合せ方法と，細胞膜の表裏カップリング」　バイオイメージングでここまで理解る　楠見明弘、小林剛、吉村昭彦、徳永万喜洋　編集実験医学別刷 20(5) 54-60羊土社 (2003)

小山郁子, 楠見明弘　「蛍光顕微鏡によるタンパク質の細胞内局在と動態の観察」　ポストシークエンスタンパク質科学実験法　第III巻　大島泰郎、鈴木紘一、藤井義明、村松喬　編　東京化学同人 24-38 (2002)

飯野亮太, 小山郁子　「GFP融合タンパク質1分子の生細胞中での可視化解析」　細胞工学 20 691-696 (2001) 羊土社

東京大学大学院医学系研究科・医学部男女共同参画委員会　エッセイ「私の体験例と男女共同参画への期待」

実験医学 2018年５月号　Opinion研究の現場から「医学部から『実験医学』者へ」羊土社

Awards

Excellent Poster Awards, EMBO Workshop Membrane shaping and remodeling by proteins　(2019)

東京大学医学部平成28年度Best Teacher’s Award (2017)

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