メンバー紹介
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助教
境 祐二
プロフィール
2009年 日本学術振興会特別研究員
2012年 九州大学理学研究院博士課程修了(理学博士)
2012年 理化学研究所仁科加速器研究センター 基礎科学特別研究員
2014年 理化学研究所理論生物学研究室 特別研究員
2016年 理化学研究所理論科学連携研究推進グループ 特別研究員
2017年- 東京大学大学院医学系研究科 助教原著論文
Modeling Membrane Morphological Change during Autophagosome Formation. Sakai Y, Koyama-Honda I, Knorr L. R, Mizushima N. iScience 23, 9, 101466, 2020. 紹介ページ Molecular dynamics simulations of condensin- mediated mitotic chromosome assembly. Sakai Y, Hirano T, Tachikawa M. Methods Molecular Biology 2004:319-334, 2019. Modeling the functions of condensin in chromosome shaping and segregation. Sakai Y, Mochizuki A, Kinoshita K, Hirano T, Tachikawa M. PLOS Computational Biology 14 (6): e1006152-1-19, 2018. Controlling segregation speed of entangled polymers by the shapes: A simple model for eukaryotic chromosome segregation. Sakai Y, Tachikawa M, Mochizuki A. Physical Review E 94 (4): pp.042403-1-8, 2016. Phase structure of two-color QCD at real and imaginary chemical potentials. Makiyama T, Sakai Y, Saito T, Kouno H, Nakamura A, Yahiro M. Physical Review D 93 (1): pp.014505-1-18, 2016. Confinement and Z3 symmetry in three-flavor QCD. Kouno H, Makiyama T, Sasaki T, Sakai Y, Yahiro M. Journal of Physics G 40 (9): pp.095003-1-19, 2013. The quarkyonic phase and the ZN symmetry. Sakai Y, Kouno H, Sasaki T, Yahiro M. Physics Letters B 718 (1): pp.130-135, 2012. Quark-gluon thermodynamics with the ZN symmetry. Kouno H, Sakai Y, Makiyama T, Sasaki T, Yahiro M. Journal of Physics G 39 (8): pp.085010-1-21, 2012. Theta vacuum and entanglement interaction in the three-flavor PNJL model. Sasaki T, Sakai Y, Takahashi J, Kouno H, Yahiro M. Physical Review D 85 (5): pp.056009-1-9, 2012. Equation of state in the PNJL model with the entanglement interaction. Sakai Y, Sasaki T, Kouno H, Yahiro M. Journal of Physics G 39 (3): pp.035004-1-17, 2012. Quark-mass dependence of the three flavor QCD phase diagram at zero and imaginary chemical potential: Model prediction. Sasaki T, Sakai Y, Kouno H, Yahiro M. Physical Review D 84 (9): pp.091901(R)-1-6, 2011. Theta vacuum effects on QCD phase diagram. Sakai Y, Kouno H, Sasaki T, Yahiro M. Physics Letters B 705 (4): pp.349-355, 2011. Violations of parity and charge conjugation in the theta vacuum with imaginary chemical potential. Kouno H, Sakai Y, Sasaki T, Kashiwa K, Yahiro M. Physical Review D 83 (7): pp.076009-1-13, 2011. QCD phase diagram at finite baryon and isospin chemical potentials. Sasaki T, Sakai Y, Kouno H, Yahiro M. Physical Review D 82 (11): pp.116004-1-15, 2010. Average phase factor in the Polyakov-loop extended Nambu-Jona-Lasinio model. Sakai Y, Sasaki T, Kouno H, Yahiro M. Physical Review D 82 (9): pp.096007-1-10, 2010. Entanglement between deconfinement transition and chiral symmetry restoration. Sakai Y, Sasaki T, Kouno H, Yahiro M. Physical Review D 82 (7): pp.076003-1-10, 2010. QCD phase diagram at imaginary baryon and isospin chemical potentials. Sakai Y, Kouno H, Yahiro M. Journal of Physics G 36 (10): pp.105007-1-25, 2010. Correlation among discontinuities in the QCD phase diagram. Kashiwa K, Yahiro M, Kouno H, Matsuzaki M, Sakai Y. Journal of Physics G 36 (10): pp.105001-1-13, 2009. Determination of QCD phase diagram from the imaginary chemical potential region. Sakai Y, Kashiwa K, Kouno H, Matsuzaki M, Yahiro M. Physical Review D 79 (9): pp.096001-1-9, 2009. Meson mass at real and imaginary chemical potentials. Kashiwa K, Matsuzaki M, Kouno H, Sakai Y, Yahiro M. Physical Review D 79 (7): pp.076008-1-9, 2009. Vector-type four-quark interaction and its impact on QCD phase structure. Sakai Y, Kashiwa K, Kouno H, Matsuzaki M, Yahiro M. Physical Review D 78 (7): pp.076007-1-8, 2008. Phase diagram in the imaginary chemical potential region and extended Z3 symmetry. Sakai Y, Kashiwa K, Kouno H, Yahiro M. Physical Review D 78 (3): pp.036001-1-13, 2008. Polyakov loop extended Nambu-Jona-Lasinio model with imaginary chemical potential. Sakai Y, Kashiwa K, Kouno H, Yahiro M. Physical Review D 77 (5): pp.051901(R)-1-5, 2008. 総説論文
境祐二、小山-本田郁子 「オートファゴソーム形成の物理モデル」 医学のあゆみ 272(9), 758 - 762, 2020 数理モデルによる細胞分裂期の染色体ダイナミクスを解析 -「コンデンシン」が染色体の形成と分離に果たす役割-. 理研プレスリリース, 2018. 染色体の太さはなぜ一定なのか -染色体凝縮の謎に、物理学から挑む. Academist Journal, 2016. 染色体の形と分離の関係-分離する時間は凝縮時の形で決まる-. 理研プレスリリース, 2016. 招待講演
Modeling cooperative action of condensin and topo-II in mitotic chromosome assembly Chromosome Dynamics 2019. Modeling mitotic chromosome assembly 第42回日本分子生物学会年会ワークショップ 「Uncovering higher-order chromosome structures by interdisciplinary approaches」. コンデンシンによる分裂期染色体形成の物理モデル 平成29年度遺伝研研究会「クロマチン・細胞核の動的構造変換とゲノム機能制御」. Modeling and Simulation for Chromosome Condensation and Segregation Computation and Theory 2017.