メンバー紹介

  • 助教

    境　祐二

    プロフィール

    2009年 　日本学術振興会特別研究員
    2012年 　九州大学理学研究院博士課程修了（理学博士）
    2012年 　理化学研究所仁科加速器研究センター　基礎科学特別研究員
    2014年 　理化学研究所理論生物学研究室　特別研究員
    2016年 　理化学研究所理論科学連携研究推進グループ　特別研究員
    2017年-　東京大学大学院医学系研究科　助教

    原著論文

    Modeling Membrane Morphological Change during Autophagosome Formation. Sakai Y, Koyama-Honda I, Knorr L. R, Mizushima N. iScience 23, 9, 101466, 2020. 紹介ページ
    Molecular dynamics simulations of condensin- mediated mitotic chromosome assembly. Sakai Y, Hirano T, Tachikawa M. Methods Molecular Biology 2004:319-334, 2019.
    Modeling the functions of condensin in chromosome shaping and segregation. Sakai Y, Mochizuki A, Kinoshita K, Hirano T, Tachikawa M. PLOS Computational Biology 14 (6): e1006152-1-19, 2018.
    Controlling segregation speed of entangled polymers by the shapes: A simple model for eukaryotic chromosome segregation. Sakai Y, Tachikawa M, Mochizuki A. Physical Review E 94 (4): pp.042403-1-8, 2016.
    Phase structure of two-color QCD at real and imaginary chemical potentials. Makiyama T, Sakai Y, Saito T, Kouno H, Nakamura A, Yahiro M. Physical Review D 93 (1): pp.014505-1-18, 2016.
    Confinement and Z3 symmetry in three-flavor QCD. Kouno H, Makiyama T, Sasaki T, Sakai Y, Yahiro M. Journal of Physics G 40 (9): pp.095003-1-19, 2013.
    The quarkyonic phase and the ZN symmetry. Sakai Y, Kouno H, Sasaki T, Yahiro M. Physics Letters B 718 (1): pp.130-135, 2012.
    Quark-gluon thermodynamics with the ZN symmetry. Kouno H, Sakai Y, Makiyama T, Sasaki T, Yahiro M. Journal of Physics G 39 (8): pp.085010-1-21, 2012.
    Theta vacuum and entanglement interaction in the three-flavor PNJL model. Sasaki T, Sakai Y, Takahashi J, Kouno H, Yahiro M. Physical Review D 85 (5): pp.056009-1-9, 2012.
    Equation of state in the PNJL model with the entanglement interaction. Sakai Y, Sasaki T, Kouno H, Yahiro M. Journal of Physics G 39 (3): pp.035004-1-17, 2012.
    Quark-mass dependence of the three flavor QCD phase diagram at zero and imaginary chemical potential: Model prediction. Sasaki T, Sakai Y, Kouno H, Yahiro M. Physical Review D 84 (9): pp.091901(R)-1-6, 2011.
    Theta vacuum effects on QCD phase diagram. Sakai Y, Kouno H, Sasaki T, Yahiro M. Physics Letters B 705 (4): pp.349-355, 2011.
    Violations of parity and charge conjugation in the theta vacuum with imaginary chemical potential. Kouno H, Sakai Y, Sasaki T, Kashiwa K, Yahiro M. Physical Review D 83 (7): pp.076009-1-13, 2011.
    QCD phase diagram at finite baryon and isospin chemical potentials. Sasaki T, Sakai Y, Kouno H, Yahiro M. Physical Review D 82 (11): pp.116004-1-15, 2010.
    Average phase factor in the Polyakov-loop extended Nambu-Jona-Lasinio model. Sakai Y, Sasaki T, Kouno H, Yahiro M. Physical Review D 82 (9): pp.096007-1-10, 2010.
    Entanglement between deconfinement transition and chiral symmetry restoration. Sakai Y, Sasaki T, Kouno H, Yahiro M. Physical Review D 82 (7): pp.076003-1-10, 2010.
    QCD phase diagram at imaginary baryon and isospin chemical potentials. Sakai Y, Kouno H, Yahiro M. Journal of Physics G 36 (10): pp.105007-1-25, 2010.
    Correlation among discontinuities in the QCD phase diagram. Kashiwa K, Yahiro M, Kouno H, Matsuzaki M, Sakai Y. Journal of Physics G 36 (10): pp.105001-1-13, 2009.
    Determination of QCD phase diagram from the imaginary chemical potential region. Sakai Y, Kashiwa K, Kouno H, Matsuzaki M, Yahiro M. Physical Review D 79 (9): pp.096001-1-9, 2009.
    Meson mass at real and imaginary chemical potentials. Kashiwa K, Matsuzaki M, Kouno H, Sakai Y, Yahiro M. Physical Review D 79 (7): pp.076008-1-9, 2009.
    Vector-type four-quark interaction and its impact on QCD phase structure. Sakai Y, Kashiwa K, Kouno H, Matsuzaki M, Yahiro M. Physical Review D 78 (7): pp.076007-1-8, 2008.
    Phase diagram in the imaginary chemical potential region and extended Z3 symmetry. Sakai Y, Kashiwa K, Kouno H, Yahiro M. Physical Review D 78 (3): pp.036001-1-13, 2008.
    Polyakov loop extended Nambu-Jona-Lasinio model with imaginary chemical potential. Sakai Y, Kashiwa K, Kouno H, Yahiro M. Physical Review D 77 (5): pp.051901(R)-1-5, 2008.

    総説論文

    境祐二、小山-本田郁子 「オートファゴソーム形成の物理モデル」 医学のあゆみ 272(9), 758 - 762, 2020
    数理モデルによる細胞分裂期の染色体ダイナミクスを解析 -「コンデンシン」が染色体の形成と分離に果たす役割-. 理研プレスリリース, 2018.
    染色体の太さはなぜ一定なのか -染色体凝縮の謎に、物理学から挑む. Academist Journal, 2016.
    染色体の形と分離の関係-分離する時間は凝縮時の形で決まる-. 理研プレスリリース, 2016.

    招待講演

    Modeling Membrane Morphological Change during Autophagosome Formation 理化学研究所 数理創造プログラムiTHEMS Seminar 2021.
    Modeling cooperative action of condensin and topo-II in mitotic chromosome assembly Chromosome Dynamics 2019.
    Modeling mitotic chromosome assembly 第42回日本分子生物学会年会ワークショップ 「Uncovering higher-order chromosome structures by interdisciplinary approaches」.
    コンデンシンによる分裂期染色体形成の物理モデル 平成29年遺伝学研究所研究会「クロマチン・細胞核の動的構造変換とゲノム機能制御」.
    Modeling and Simulation for Chromosome Condensation and Segregation Computation and Theory 2017.

    研究者情報（reseach map）
    以前は、物理の素粒子・原子核について数理を用いて研究していました。
    いまは、細胞内で起こる現象について数理を用いて研究しています。
    競争的資金等の研究課題
    2020-2023　基盤研究C　分裂期染色体形成ダイナミクスの理論的解明
    2018-2020　新学術領域研究（染色体オーケストレーションシステム）
    　　　　　　　　数理手法を用いた分裂期染色体ダイナミクスの解明
    2018-2020　若手研究 数理手法を用いたオートファジー・ダイナミクスの解明

  • 助教

    吉井　紗織

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Mizushima Lab