People
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Project Lecturer（Sakigake Researcher)
Taki Nishimura
Profile
2004年 東京大学 薬学部薬学科 卒業
2009年 同大学院 薬学系研究科修了 薬学博士 (指導教官: 新井 洋由 教授)
2009年 大阪大学 微生物病研究所 ポスドク研究員 (菊谷 仁 研究室)
2010年 東京医科歯科大学大学院 医歯学総合研究科 助教 、東京大学大学院 医学系研究科 助教 (水島 昇 研究室)
2016年 University College London, MRC-LMCB (Chris Stefan Lab)、The Francis Crick Institute (Sharon Tooze lab) にてポスドク研究員
2021年 JSTさきがけ専任研究員として東京大学大学院 医学系研究科 (水島 昇 研究室)に戻る。学術変革B「ポストリソソーム」計画班代表。
2022年 東京大学大学院医学系研究科 特任講師
2023年 JST創発研究支援事業採択 (現在は開始猶予期間)
Results
Comprehensive analysis of autophagic functions of WIPI family proteins and their implications for the pathogenesis of beta-propeller associated neurodegeneration. Shimizu, T., Tamura, N., Nishimura, T., Saito, C., Yamamoto, H., Mizushima, N. Hum. Mol. Genet., ddad096, 2023 Autophagosome membrane expansion is mediated by the N-terminus and cis-membrane association of human ATG8s. #Zhang, W., #Nishimura, T., Gahlot, D., Saito, C., Davis, C., Jefferies, H.B.J., Schreiber, A., Thukral, L., Tooze, S.A. eLife, 12, e89185, 2023 Unique Amphipathic alpha-helix Drives Membrane Insertion and Enzymatic Activity of ATG3. *#Nishimura, T., #Lazzeri, G., Mizushima, N., *Covino, R., Tooze, S.A. Sci. Adv., 9 (25), eadh1281, 2023 紹介ページ 東大プレスリリース JSTプレスリリース TORC1 Determines Fab1 Lipid Kinase Function at Signaling Endosomes and Vacuoles. Chen, Z., Malia, P.C., Hatakeyama, R., Nicastro, R., Hu, Z., Peli-Gulli M.P., Gao, J., Nishimura, T., Eskes, E., Stefan, C.J., Winderickx, J., De Virgilio, C., Ungermann, C. Curr. Biol., 31, 297-309.e8., 2021 A critical role of VMP1 in lipoprotein secretion. Morishita, H., Zhao, Y.G., Tamura, N., Nishimura, T., Kanda, Y., Sakamaki, Y., Okazaki, M., Li, D., Mizushima, N. eLife, 8, e48834, 2019 Osh Proteins Control Nanoscale Lipid Organization Necessary for PI(4,5)P2 Synthesis. *Nishimura, T., Gecht, M., Covino, R., Hummer, G., Surma, M.A., Klose, C., Arai, H., Kono, N., *Stefan, C.J. Mol. Cell, 75, 1043-1057, 2019 Control of vacuole membrane homeostasis by a resident PI-3,5-kinase inhibitor. Malia, P.C., Numrich, J., Nishimura, T., Montoro, A.G., Stefan, C., Ungermann, C. Proc. Natl. Acad. Sci U. S. A., 115, 4684-4689, 2018 Differential requirement for ATG2A domains for localization to autophagic membranes and lipid droplets. Tamura, N., Nishimura, T., Sakamaki, Y., Koyama-Honda, I., Yamamoto, H., Mizushima, N. FEBS Lett., 591, 3819-3830, 2017 Autophagosome formation is initiated at phosphatidylinositol synthase-enriched ER subdomains. *Nishimura, T., Tamura, N., Kono, N., Shimanaka, Y., Arai, H., Yamamoto, H., *Mizushima, N. EMBO J., 36, 1719-1735, 2017 紹介ページ Accumulation of undegraded autophagosomes by expression of dominant-negative STX17 (syntaxin 17) mutants. Uematsu, M., Nishimura, T., Sakamaki, Y., Yamamoto, H., Mizushima, N. Autophagy, 13, 1452-1464, 2017 Lysophosphatidylcholine promotes SREBP-2 activation via rapid cholesterol efflux and SREBP-2-independent cytokine release in human endothelial cells. Morita, M., Sekine, A., Urano, Y., Nishimura T., Takabe, W., Arai, H., Hamakubo, T., Kodama, T., Noguchi, N. J. Biochem. (Tokyo), 158, 331-338, 2015 The HOPS complex mediates autophagosome-lysosome fusion through interaction with syntaxin 17. Jiang, P., Nishimura, T., Sakamaki, Y., Itakura, E., Hatta, T., Natsume, T., Mizushima, N. Mol. Biol. Cell, 25, 1327-1337, 2014 Oligo-astheno-teratozoosermia in mice lacking ORP4, a sterol-binding protein in the OSBP-related protein family. Udagawa, O., Ito, C., Ogonuki, N., Sato, H., Lee, S., Pearlta, T., Ichi, I., Uchida, Y., Nishimura, T., Murakami, M., Ogura, A., Inoue, T., Toshimori, K., Arai, H. Genes Cells, 19, 13-27, 2014 Oxysterol-binding protein (OSBP) is required for the perinuclear localization of intra-Golgi v-SNAREs. Nishimura, T., Uchida, Y., Yachi, R., Kudlyk, T., Lupashin, V., Inoue, T., Taguchi, T., Arai, H. Mol. Biol. Cell, 24, 3534-3544, 2013 De novo mutations in the autophagy gene WDR45 cause static encephalopathy of childhood with neurodegeneration in adulthood. #Saitsu, H., #Nishimura, T., #Muramatsu, K., Kodera, H., Kumada, S., Sugai, K., Kasai-Yoshida, E., Sawaura, N., Nishida, H., Hoshino, A., Ryujin, F., Yoshioka, S., Nishiyama, K., Kondo, Y., Tsurusaki, Y., Nakashima, M., Miyake, N., Arakawa, H., Kato, M., Mizushima, N., Matsumoto, N. Nature Genet., 45, 445-449, 2013 紹介ページ FIP200 regulates targeting of Atg16L1 to the isolation membrane. Nishimura, T., Kaizuka, T., Cadwell, K., Sahani, M.H., Saitoh, T., Akira, S., Virgin, H.W., Mizushima, N. EMBO Rep., 14, 284-291, 2013 紹介ページ Protein kinase N1, a cell inhibitor of Akt kinase, has a central role in quality control of germinal center formation. Yasui, T., Sakakibara-Yada, K., Nishimura, T., Morita, K., Tada, S., Mosialos, G., Kieff, E., Kikutani, H. Proc. Natl. Acad. Sci U. S. A., 109, 21022-21027, 2012 Mammalian Atg2 proteins are essential for autophagosome formation and important for regulation of size and distribution of lipid droplets. #Velikkakath, A.K., #Nishimura, T., Oita, E., Ishihara, N., Mizushima, N. Mol. Biol. Cell, 23, 896-909, 2012 紹介ページ LC3, a microtubule-associated protein1A/B light chain3, is involved in cytoplasmic lipid droplet formation. Shibata, M., Yoshimura, K., Tamura, H., Ueno, T., Nishimura, T., Inoue, T., Sasaki, M., Koike, M., Arai, H., Kominami, E., Uchiyama, Y. Biochem. Biophys. Res. Commun., 393, 274-279, 2010 Functional analysis of GS28, an intra-Golgi SNARE, in Caenorhabditis elegans. Maekawa, M., Inoue, T., Kobuna, H., Nishimura, T., Gengyo-Ando, K., Mitani, S., Arai, H. Genes Cells, 14, 1003-1013, 2009 Inhibition of cholesterol biosynthesis by 25-hydroxycholesterol is independent of OSBP. Nishimura, T., Inoue, T., Shibata, N., Sekine, A., Takabe, W., Noguchi, N., Arai, H. Genes Cells, 10, 793-801, 2005 Introductory Article
Membrane association of the ATG8 conjugation machinery emerges as a key regulatory feature for autophagosome biogenesis. Tooze, S.A., Zhang, W., Lazzeri, G., Gahlot, D., Thukral, L., Covino, R., Nishimura, T. FEBS Lett, 2023, doi: 10.1002/1873-3468.14676. 脂質交換タンパク質が司るナノスケールの脂質膜環境 *西村多喜 生物物理 日本生物物理学会, Vol. 62(3), 170-174, 2022年 A real-time phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase assay using fluorescence spectroscopy. *Nishimura, T. Methods Molecular Biology, 2251, 121-132, 2021 Emerging roles of ATG proteins and membrane lipids in autophagosome formation. *Nishimura, T., *Tooze, S.A. Cell Discov., 6, 32, 2020 Specialized ER Membranes Domains for Lipid Metabolism and Transport. *Nishimura, T., *Stefan, C.J. Biochem. Biophys. Acta Mol. Cell Biol. Lipids, 1865, pii:1388-1981(19)30121-0, 2020 The ULK complex initiates autophagosome formation at phosphatidylinositol synthase-enriched ER subdomains. *Nishimura, T., *Mizushima, N. Autophagy, 13, 1795-1796, 2017 SENDA/BPANとオートファジー 森下英晃, 西村多喜, 水島昇 神経内科 科学評論社, Vol. 83, 156-161 2015年 オートファジー 西村多喜, 水島昇 脳科学辞典 2012年 オートファジー 西村多喜, 水島昇 がん生物学イラストレイテッド 羊土社, 185-192 2011年 オートファジーと癌抑制 西村多喜, 高村聡人, 水島昇 実験医学 羊土社, Vol. 29, 236-241, 2011年 Awards
[特 許] 目的タンパク質の単離方法，及び目的タンパク質の単離キット (特願2023-051769) 発明者：西村多喜, 出願人：国立大学法人東京大学 A travel grant award for LipoQuality Symposium (2019年) 日本生化学会・早石修記念海外留学助成 (2018年) 第30回内藤コンファレンス ポスター発表賞 (2011年) Invited Lecture
オンデマンド脂質プローブ作製技術 西村多喜 第96回日本生化学会大会, 福岡, 2023年 リソソーム膜脂質を可視化する脂質プローブの作製 西村多喜 第23回日本蛋白質科学会年会, 名古屋, 2023年 両親媒性αヘリックスが操るオートファジー関連分子ATG3の機能 西村多喜 第60回日本生物物理学会年会, 函館, 2022年 脂質交換反応によるホスファチジルイノシトールリン脂質代謝制御機構 西村多喜 第62回脂質生化学会, 東京, 2020年 Osh Proteins Control Nanoscale Lipid Organization Necessary for PI(4,5)P2 Synthesis Nishimura, T., Stefan, C.J. GBM/DGZ Fall conference 2019 (Age-related Human Diseases Special Focus: Autophagy), Tübingen (Germany), 2019 Lipid Code for Phosphatidylinositol bisphosphate Synthesis. Nishimura, T. The Babraham Institute, Cambridge, United Kingdom, 30th July 2019
